Po wykryciu zainfekowanych plików, program antywirusowy poddaje je kwarantannie, aby te nie mogły się powielać. Następnie antywirus próbuje te pliki wyczyścić usuwając kod wirusa i naprawiając uszkodzone fragmenty struktury pliku. Zastosowanie takiej procedury jest możliwe, jeśli wirus rozprzestrzenił się dodając swój kod, do kodu aplikacji, którą zaatakował.
Niestety niektóre bardziej zaawansowane wirusy atakują całe pliki. Wtedy odzyskanie takiego pliku nie jest możliwe. W takim przypadku, program antywirusowy poddaje kwarantannie cały zainfekowany plik i zaleca użytkownikowi jego skasowanie.