Programy antywirusowe wyposażone są w kilka metod, którymi posługują się podczas ochrony przed wirusami bez względu na to, czy działają w tle, w trybie dyskretnym czy też w trybie doraźnym. Jedną z najpopularniejszych i najpewniejszych metod jest kompletne skanowanie komputera. Skanowanie jest inicjowane i włączane przez użytkownika, lub przeprowadzane automatycznie w konkretnych odstępach czasu. Tego typu skanowanie pozwala sprawdzić wszystkie pliki znajdujące się w komputerze w poszukiwaniu wirusów plikowych.
Metoda ta jest najskuteczniejsza, jeśli podejrzewamy zainfekowanie wirusem. Skanowanie komputera ma kilka trybów. Możemy przeskanować całą zawartość dysków twardych, możemy ograniczyć się do wybranego folderu, partycji czy typu plików. Podczas takiego skanowania, antywirus szuka wirusów posługując się własną bazą sygnatur wirusów. Jak każdy program wykonywalny, również wirusy składają się z konkretnych kodów.
Za każdym razem, gdy zostaje odkryty nowy wirus, producenci oprogramowania antywirusowego dodają do baz danych swojego oprogramowania sygnatury kodów konkretnego wirusa. Sygnatura kodu składa się z ciągu znaków i liczb, które są kompletnie niezrozumiałe dla użytkownika, jednak komputer potrafi odczytać z tego odpowiednie informacje.